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北京兒童醫院擁有小兒血液專業、急救專業、普外專業和中醫專業4個北京市重點學科及小兒先天性心臟病治療中心、小兒脊柱外科中心、兒童及青少年糖尿病中心等14個市級醫療中心,在小兒復雜先心病的手術治療、肝腎移植、各類脊柱畸形的矯正、腹胸腔鏡治療、急腹癥及創傷治療以及神經、呼吸、內分泌、腎病、血液透析、泌尿、耳鼻喉、纖維支氣管鏡、影像技術等專業疾病的診斷治療及診療設備居國內領先地位,並率先在國內將兒科就診年齡擴大到18歲。
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